Добрый день!
Цитата: Мы ООО на УСН разрабатываем и продаем ПО (в реестр российского ПО не внесли), также реализуем неисключительные права заказчику (РФ) по лицензионному договору. Нам не нужно облагать НДС данные операции по новым правилам с 01.01.2021 г. (изменения в ФЗ от 31.07.2020 N 265-ФЗ) ?
Читаем первоисточник - с учетом указанных Вами изменений:
Цитата: 2. ... Организации, применяющие упрощенную систему налогообложения,не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость,за исключениемналога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексомпри ввозе товаров на территорию Российской Федерациии иные территории, находящиеся под ее юрисдикцией (включая суммы налога, подлежащие уплате при завершении действия таможенной процедуры свободной таможенной зоны на территории Особой экономической зоны в Калининградской области), а также налога на добавленную стоимость, уплачиваемого в соответствиисо статьями 161 и 174.1настоящего Кодекса.
Как видим, всего три исключения:
1. Ввоз на территорию РФ - так называемый "ввозной" или "импортный" НДС.
2. НДС налоговых агентов - статья 161 НК РФ.
3. НДС по договору простого товарищества - статья 174.1 НК РФ.
Как видим, ничего, связанного с продажей прав пользования программным продуктом, не указано.
Поэтому в этих операциях у Вас нет НДС, поскольку Вы не являетесь плательщиком НДС, как организация применяющая упрощенную налоговую систему.
Цитата: Заказчик утверждает, что должны.
Заказчик ошибается.
Успехов!